Îndoiți un lanț de reziduuri de-a lungul unei rețele, astfel încât unitățile hidrofobe să se înghesuie într-un miez îngropat - și stoarceți energia la minimum dovedit.
O proteină este modelată ca un lanț de reziduuri hidrofobe (H) și polare (P) pe o rețea 2D. Vecinii hidrofobi care stau adiacente fără a fi legați scad energia. Scopul tău este să pliezi lanțul astfel încât reziduurile H să formeze un miez compact și să atingi energia optimă.
Helixfold este construit pe modelul clasic de rețea hidrofob-polară de pliere a proteinelor, transformând căutarea unei pliuri într-un puzzle.
Un lanț de reziduuri hidrofobe și polare pe o rețea, în care contactele H-H nelegate scad energia, este modelul HP al plierii proteinelor.
Punctarea directă a energiei, nu a asemănării cu o formă cunoscută, este abordarea originală.
Energia este obiectivul potrivit pentru că este ceea ce minimizează natura. Efectul hidrofob împinge reziduurile nepolare spre interior, iar un model care conține puțin altceva reproduce totuși miezul compact pe care îl au proteinele reale — motiv pentru care modelul HP supraviețuiește ca instrument de predare și cercetare.
Helixfold este construit pe modelul clasic de rețea hidrofob-polară de pliere a proteinelor, transformând căutarea unei conformații cu energie minimă într-un puzzle tactil. Este un joc de browser original, gratuit, cu trei lungimi de lanț și moduri zilnice plus de antrenament.