Îngropați împreună reziduurile care se tem de apă și urmăriți scăderea energiei.
Vi se oferă un lanț de reziduuri, unele hidrofobe (H) și altele nu. Îndoiți-l pe rețea, astfel încât reziduurile hidrofobe să se grupeze într-un miez îngropat - fiecare pereche H-H neadiacentă care ajunge să se atingă scade energia structurii. Atinge cea mai scăzută energie pentru a o rezolva.
Protein Fold este un puzzle de biochimie construit pe modul în care proteinele se pliază în jurul unui miez hidrofob, principiul care dă forma proteinelor.
Plierea unui lanț de reziduuri hidrofobe și polare astfel încât cele hidrofobe să se îngroape într-un miez, punctând fiecare contact H-H neadiacent, înseamnă modelul HP pe rețea al plierii proteinelor.
Punctarea directă a contactelor îngropate este simplificarea originală.
Este o simplificare drastică ce păstrează fizica esențială. Efectul hidrofob — gruparea grupărilor nepolare pentru că asta maximizează entropia apei din jur — este forța dominantă care aduce o proteină la forma ei, așa că un model care nu conține aproape nimic altceva produce totuși plieri recognoscibil proteice.
Protein Fold este un puzzle de biochimie construit în jurul modelelor de pliere a proteinelor cu miez hidrofob. Este un joc de browser original, gratuit, creat intern pentru PlayPendium.